Лаборатория водных экосистем ЧИПР СО РАН является преемницей Забайкальской комплексной экспедиции Лимнологического института СО РАН , созданной в 1966г. в г. Чите для систематического изучения озер Забайкалья.
В 1982г. при организации ЧИПР СО РАН лаборатория вошла в состав института.
Исследование биологического разнообразия сообществ гидробионтов (фитопланктон, перифитон, макрофиты, зоопланктон, зообентос, ихтиоценозы) пресных и соленых водоемов и водотоков, разных ландшафтно-климатических зон Восточного Забайкалья.
Проблемы вселения чужеродных видов в водные экосистемы Забайкалья, и их влияния на аборигенные сообщества.
Оценка загрязнения тяжелыми металлами и токсичными элементами водотоков и водоемов Забайкалья.
Функциональная экология сообществ гидробионтов.
Выделение региональных индикаторов для оценки состояния водных экосистем.